A AEPETRO partiu da iniciativa de trabalhadores da RLAM e da UN-BA, face as inúmeras perdas dos trabalhadores petroleiros sob negligência e omissão. Sua fundação foi em Março de 2006, sob direção colegiada, iniciou-se a sua representatividade legal.

Registrada no cartório de títulos de Salvador a AEPETRO tem suas atividades reguladas pelo seu ESTATUTO.